La Comisión de la Verdad consideró que su enfoque debía partir de lo narrado por las comunidades en los territorios y garantizar que las explicaciones surgieran de una verdad socialmente compartida, es decir, una verdad construida con las personas y no sobre ellas. De este modo, la investigación podía dar cuenta del impacto del conflicto en la vida individual y comunitaria de las y los colombianos.
Es por eso que se decidió que el enfoque fuera inductivo, esto es, se partió de la narración de lo vivido por las personas en los territorios, luego se dio un tratamiento riguroso a la información recolectada, que fue posteriormente contrastada y analizada para, finalmente, construir las explicaciones sobre el conflicto, soportadas con la mayor cantidad de evidencias posibles.
Cabe destacar, además, que esta es la primera comisión en el mundo sin autoridad jurídica que por mandato de ley (Ley 1712 de 2014, Decreto 588 de 2017 y Sentencia C-017 de 2018) podía acceder sin reservas a cualquier tipo de información, incluidos archivos reservados, clasificados, de inteligencia y contrainteligencia sobre las violaciones a los derechos humanos e infracciones al derecho internacional humanitario.